Uygulamalı Biyoinformatik - Genomik Veri Analizleri - Sertifika Eğitimi: BIF201 | Canlı - Çevrimiçi | 23 - 24 - 25 - 26 Şubat 2026 | Pazartesi - Perşembe (4 Gün) - 19:30 - 22:30
〰️
Uygulamalı Biyoinformatik - Genomik Veri Analizleri - Sertifika Eğitimi: BIF201 | Canlı - Çevrimiçi | 23 - 24 - 25 - 26 Şubat 2026 | Pazartesi - Perşembe (4 Gün) - 19:30 - 22:30 〰️
Türkçe-İngilizce Sertifika ve Transkript verilecektir.
Bilgi ve Kayıt için İletişim: dna-academy@nardobiotech.com
Whatsapp: 0 549 502 13 14
BIF201 - Uygulamalı Biyoinformatik:
Genomik Veri Analizleri - Sertifika Eğitimi
Bu eğitim programı, katılımcılara NGS (Yeni Nesil Dizileme) ve 3. nesil dizileme verilerini analiz etme konusunda temel biyoinformatik beceriler kazandırmak, veri işleme ve analiz adımlarını öğretmeyi amaçlamaktadır.
BIF201 modülü, genomik veri analizlerinde kullanılan yöntemleri ve iş akışlarını orta seviye uygulamalarla öğrenmenizi sağlayan kapsamlı bir eğitimdir. BIF101’de edinilen temellerin üzerine inşa edilen bu programda katılımcılar, gerçek NGS (kısa okuma) ve 3. nesil uzun okuma (ONT/PacBio) veri setleri üzerinde pratik deneyim kazanacaktır.
Eğitim boyunca Google Colab üzerinde erişilebilir bir ortamda; FastQC, MultiQC, NanoPlot, Cutadapt, Porechop, Filtlong, BWA-MEM, Minimap2, SAMtools, BCFtools, VCFtools, bedtools ve SnpEff gibi güncel biyoinformatik araçlarla kalite kontrol, trimming, hizalama, varyant çağrımı ve anotasyon adımları uçtan uca uygulanır. Hizalama sonrası kalite ve kapsama analizi için Picard/Sambamba (duplikasyon işaretleme) ve mosdepth (kapsama derinliği) araçları da tanıtılır.
Elde edilen çıktı dosyaları (BAM, VCF vb.), görselleştirme için IGV ve JBrowse2 gibi genome browser’larda incelenir. IGV masaüstü ve JBrowse2 web arayüzleri üzerinden görselleştirme yapılır; Colab’da üretilen BAM/VCF çıktıları bu platformlarda incelenir.
Program kapsamında ayrıca, klinik genomikte yaygın kullanılan GATK (Genome Analysis Toolkit) araç seti kısaca tanıtılacak; ayrıntılı uygulamalar ise ileri modüllerde (BIF301–BIF401) ele alınacaktır.
Eğitim Seviyesi: Girişten İleri Seviyeye Doğru (Akademisyenler, Araştırmacılar ve İlgili Mezun, Lisans - Lisansüstü Öğrenciler)
Eğitim Seviyesi Açıklaması: Bu eğitim programı, giriş seviyesinden ileri düzeye kadar biyoinformatik analiz konusunda kapsamlı bilgi sağlamayı hedeflemektedir. Katılımcılar, NGS ve Oxford Nanopore dizileme teknolojilerinin temel prensiplerini öğrenmiş olarak biyoinformatik analiz süreçlerine giriş yapacaklardır. Eğitim süresince, ham dizileme verilerinin kalite kontrolünden başlayarak, hizalama, varyant tespiti ve veri görselleştirme adımlarına kadar tüm biyoinformatik iş akışları uygulamalı olarak ele alınacaktır. Bu eğitim, biyoinformatik analizlerde sağlam bir altyapı oluşturmak isteyen akademisyenler, araştırmacılar ve öğrenciler için uygundur.
Kimler İçin Uygundur: Uygulamalı Biyoinformatik - Genomik Veri Analizleri - Sertifika Eğitimi, DNA ve analizlerinin gizemli dünyasına giriş yapmak isteyen ilgili herkes için uygundur. Tıp Fakültesi, Sağlık Bilimleri Fakültesi, Veteriner Fakültesi, Ziraat Fakültesi, Mühendislik Fakültesi, Fen Fakültesi, Spor Bilimleri Fakültesi.
Bu eğitimi takip edecek olan ileri seviye biyoinformatik eğitimlerimiz BIF101 ve bu eğitim programında oluşturacağımız temelin üzerine uygulamalı eğitimlerle devam edecektir. Eğitim programları serimizin sonunda herhangi bir örnekten biyoinformatik analize kadar olan tüm süreç adım adım uygulamalı eğitimlerle tamamlanmış olacaktır.
Eğitimde Kullanılacak Materyaller
Sunum Slaytları: NGS (Yeni Nesil Dizileme) ve 3. nesil dizileme (Oxford Nanopore, PacBio) teknolojilerine yönelik hazırlanmış, en güncel bilgi ve teknikleri içeren kapsamlı sunumlar. Temel biyoinformatik kavramlar, veri formatları (FASTA, FASTQ, SAM/BAM, VCF) ve genomik analiz iş akışları ayrıntılı olarak ele alınır.
Örnek Veri Setleri: Katılımcıların uygulamalı analizler yapabilmesi için hem NGS (Illumina/Ion Torrent) hem de 3. nesil uzun okuma (Oxford Nanopore, PacBio) dizileme verileri sağlanır.
Biyoinformatik Yazılımlar: Kalite kontrol için FastQC, MultiQC, NanoPlot; adaptör ve düşük kaliteli okuma temizliği için Cutadapt, Porechop, Filtlong; hizalama için BWA-MEM, Minimap2; hizalama sonrası kalite ve kapsama analizi için Picard, Sambamba, mosdepth; varyant çağrımı için BCFtools, VCFtools; anotasyon için SnpEff; görselleştirme için IGV (masaüstü) ve JBrowse2 (web arayüzü) yazılımlarının kullanımı için kurulum rehberleri ve eğitim kılavuzları. Klinik genomikte yaygın kullanılan GATK araç seti tanıtım düzeyinde ele alınır.
Bulut Biyoinformatik Platformu (Google Colab): Katılımcılar bulut tabanlı bir Linux ortamında temel komut satırı işlemlerini (dosya görüntüleme, kalite raporu inceleme vb.) öğrenir. Google Colab üzerinde uçtan uca analiz uygulamaları ve örnek çalışma dosyaları. Katılımcılar, kurulum gerektirmeden bulut ortamında analiz gerçekleştirme becerisi kazanır. İleri düzey Linux yönetimi bu modülde hedeflenmemektedir.
Eğitim Videoları ve Animasyonlar: Dizileme süreçlerini, veri analiz adımlarını ve biyoinformatik iş akışlarını görsel olarak anlatan destek materyalleri.
Kılavuzlar ve Protokoller: Her analiz adımını detaylandıran, adım adım uygulama rehberleri ve protokoller (QC, trimming, hizalama, varyant çağrımı, anotasyon ve görselleştirme dahil).
Pratik Çalışma Rehberleri: Katılımcıların kendi başlarına veri analizleri yapabilmeleri için örnek analiz senaryoları ve çözümleri.
*Bu materyaller, katılımcıların biyoinformatik analiz süreçlerini kolayca öğrenebilmesine ve uygulayabilmesine yardımcı olmak için özenle seçilmiştir. Eğitim boyunca teori ve pratik iç içe geçecek şekilde kurgulanmış ve katılımcılara gerçek veri analizi deneyimi sunulacaktır.
BIF201 - Uygulamalı Biyoinformatik: Genomik Veri Analizleri - Sertifika Eğitimi
Giriş – Tanışma
Eğitimin amacı, içeriği ve BIF101 sonrası hedeflenen yetkinlikler.
Kısa ve uzun okuma (NGS + ONT/PacBio) verileriyle uçtan uca genomik analiz sürecine genel bakış.
Ham Veri ve Formatların Hatırlatılması
FASTA, FASTQ, SAM/BAM, VCF gibi temel veri formatlarının hızlı hatırlatılması.
BIF101’de tanıtılan veri tiplerinin bu modüldeki uygulamalı iş akışına nasıl entegre edileceğinin açıklanması.
Veri Kalite Kontrolü (QC) Uygulaması
NGS ve uzun okuma verilerinde kalite kontrol uygulamaları.
FastQC, MultiQC ve NanoPlot çıktılarının yorumlanması, kalite metriklerinin değerlendirilmesi.
Ham verilerde kalite sorunlarının belirlenmesi.
Trimming ve Filtreleme Uygulaması
Adaptör temizleme ve düşük kaliteli okuma çıkarımı.
Cutadapt, Porechop ve Filtlong kullanımı.
Kısa ve uzun okuma verilerinde doğru parametre seçimi.
Hizalama (Mapping) Uygulaması
Kısa okuma verilerinde BWA-MEM, uzun okuma verilerinde Minimap2 kullanımı.
Parametre ayarları, hız ve doğruluk dengesi.
Hizalama çıktılarının (SAM/BAM) oluşturulması.
Hizalama Sonrası Veri İşleme ve Kalite/Kapsama Analizi
SAMtools ile BAM düzenleme (sıralama, indeksleme).
Picard ve Sambamba ile duplikasyon işaretleme ve metriklerin alınması.
Mosdepth ile kapsama derinliği hesaplama ve görselleştirme.
Varyant Çağrımı (Variant Calling) Uygulaması
BCFtools ve VCFtools ile SNP ve indel tespiti.
Filtreleme stratejileri ve kalite eşiklerinin belirlenmesi.
Kısa ve uzun okuma verilerinde varyant çağrımı farklarının incelenmesi.
Anotasyon (Annotation) ve Fonksiyonel Yorumlama
SnpEff ile varyant anotasyonu.
Fonksiyonel etkilerin ve biyolojik anlamın değerlendirilmesi.
Klinik genomikte kullanılan ek anotasyon kaynaklarının tanıtımı.
Görselleştirme (Visualization) Uygulaması
IGV (masaüstü) üzerinde BAM/VCF inceleme ve varyant validasyonu.
JBrowse2 (web tabanlı) kullanarak genomik bölgelerin interaktif incelenmesi.
Colab üzerinde üretilen çıktıları bu platformlara aktarma.
GATK Tanıtımı
Genome Analysis Toolkit (GATK) araç setine genel bakış.
Klinik genomik analizlerde GATK’nin rolü.
İleri kullanım senaryoları için BIF301–BIF401 modüllerine hazırlık.
Uçtan Uca Analiz Uygulaması
Kısa ve uzun okuma verileriyle kalite kontrol → trimming → hizalama → hizalama sonrası kalite analizi → varyant çağrımı → anotasyon ve görselleştirme süreçlerinin baştan sona uygulanması.
Gerçek verilerle bağımsız analiz pratiği.
Değerlendirme ve Kapanış
Genel değerlendirme ve soru-cevap.
Karşılaşılan biyoinformatik zorluklar ve çözüm önerileri.
İleri modüllere (BIF301–BIF601) geçiş için yol haritası.
——————————————
Aşağıda Uygulamalı Biyoinformatik - Genomik Veri Analizleri - Sertifika Eğitimi (BIF201) programımızın gerçekleştirileceği tarihleri görebilirsiniz.
Eğitim Tarihleri ve Saatleri:
Uygulamalı Biyoinformatik - Genomik Veri Analizleri - Sertifika Eğitimi: BIF201
Canlı - Çevrimiçi
23 - 24 - 25 - 26 Şubat 2026
Pazartesi - Perşembe (4 Gün) - 19:30 - 22:30
Eğitim Yeri: DNA Academy - Çevirimiçi Eğitim Modülü
Eğitim ücreti: (Ön kayıt formumuz üzerinden kampanyalar ve taksit imkanları için bilgi alınız.)
Türkçe-İngilizce Sertifika ve Transkript verilecektir.
Bilgi ve Kayıt için İletişim: dna-academy@nardobiotech.com
Whatsapp: 0 549 502 13 14
Ad - Soyad, Fakülte, Enstitü, Bölüm-Birim, Ana bilim dalı bilgileriniz ile aşağıdaki mail adresi üzerinden kayıt olabilir, daha detaylı bilgi alabilir ve sorularınızı iletebilirsiniz.
DNA Academy - Uygulamalı Biyoinformatik: Genomik Veri Analizleri Sertifika Programları
BIF101, BIF201, BIF301, BIF401, BIF501 ve BIF601 modüllerinden oluşan genomik veri analizleri sertifika programımıza ön kayıt için lütfen aşağıdaki formu doldurunuz.
Ön kayıt formumuzu doldurmanız işleri hızlandırır ve size doğru yönlendirme yapmamızı sağlar.