GenoStreamToolkit
Multi-Source Sequencing Data Access & Analysis-Readiness Audit Toolkit
Çok Kaynaklı Dizileme Verisi Erişim ve Analize Hazırlık Denetim Araç Seti
Veri kaynaklarından analize hazır, doğrulanabilir veri setlerine.
From data sources to analysis-ready, verifiable datasets.
Üç yıllık birikim.
Dokuz aylık Ar-Ge.
Tek araç seti.
Bir dizileme verisini indirmek kolay olabilir.
Asıl mesele; doğru veriyi bulmak, uygun formatı seçmek, aktarım bütünlüğünü korumak, metadata’yı kaybetmemek ve verinin analize gerçekten hazır olduğunu kanıtlayabilmektir.
GenoStream, bu problemin içinden doğdu.
DNA Academy’nin üç yıllık biyoinformatik eğitim ve uygulama birikimi; NARDO Biotech’in genomik veri operasyonları, kısa ve uzun okuma dizileme teknolojileri ile saha deneyimiyle birleşti.
Bu birikim, dokuz aylık Ar-Ge, test ve iteratif geliştirme sürecinin sonunda GenoStream Toolkit’e dönüştü.
GARBAGE IN.GARBAGE OUT.
Bir veri seti, yalnızca indirildiği için analize hazır sayılabilir mi?
Hayır.
Bir analiz hattının güvenilirliği yalnızca kullanılan algoritmalara bağlı değildir.
Veri bütünlüğü, metadata yeterliliği, kaynak izi, format seçimi ve aktarım sürecinde alınan kararlar da analiz sonucunun güvenilirliğini doğrudan belirler.
Doğrulanmamış veri girerse, güvenilmez sonuç çıkar.
Verinin GenoStream içindeki yolculuğu
Keşfet
Çok kaynaklı veri keşfi ve erişimiFiltrele
Hedef veri kümesini belirleYönlendir
Akıllı format seçimiAktar
Dayanıklı ve kesintisiz veri aktarımıDoğrula
Dosya bütünlüğü denetimiZenginleştir
Metadata ve tam izlenebilirlikDenetle
Analize hazırlık değerlendirmesiPASS
Kritik bütünlük veya metadata sorunu bulunmadı.
WARN
Analiz öncesinde gözden geçirilmesi gereken alanlar mevcut.
FAIL
Analizin güvenle başlatılmasını engelleyen kritik sorun tespit edildi.
Sahada gerçek problem çözen katmanlar
Çok kaynaklı veri erişimi
ENA ve MicrobeAtlas üzerinden ham dizileme verileri ile metadata erişimi.
Akıllı format yönlendirme
FASTQ, BAM, CRAM ve SRA için öncelik zinciri ve otomatik alternatif seçimi.
Kesintiye dayanıklı aktarım
Bağlantı kopmalarında kaldığı noktadan devam eden, hata toleranslı ve paralel veri aktarımı.
Bütünlük doğrulaması
Kaynak ve indirilen dosya MD5 değerlerinin karşılaştırılmasıyla bozuk veya eksik verilerin tespiti.
Metadata harmonizasyonu
40’tan fazla alanın tek denetlenebilir manifestte birleştirilmesi ve kaynak izinin korunması.
Analysis-Readiness Audit
Dosya, metadata ve teknik risklerin PASS, WARN ve FAIL düzeylerinde değerlendirilmesi.
Kısa ve uzun okuma verileri, aynı operasyonel çerçevede.
Kısa okuma (NGS) dizileme verileri
- Illumina
- Ion Torrent
- FASTQ · BAM · CRAM · SRA
Uzun okuma (3. nesil) dizileme verileri
- Oxford Nanopore
- PacBio
- FASTQ · BAM · CRAM · SRA
Kendi çalışma ortamınızda kullanın.
Terminal
Linux · macOS · Windows
Google Colab
Tarayıcı tabanlı, kurulum yükünü azaltan kullanım.
Jupyter
Etkileşimli, belgelenebilir ve tekrar üretilebilir çalışma akışları.
Çünkü analiz, dosya indirildiğinde değil; veri doğrulandığında başlar.
GenoStream, veri erişimi ile downstream biyoinformatik analiz arasındaki görünmeyen fakat kritik boşluğu hedefler.
- Doğru veri setini seçmek
- Aktarım kararlarını görünür kılmak
- Dosya bütünlüğünü doğrulamak
- Metadata kaybını azaltmak
- Teknik riskleri analiz başlamadan önce tespit etmek
- Yeniden üretilebilir bir veri kabul süreci oluşturmak
GenoStreamToolkit
Veri kaynaklarından analize hazır, doğrulanabilir veri setlerine.
From data sources to analysis-ready, verifiable datasets.