Bilgi artık sahadan dolaşıma giriyor.
Multi-omik ve biyoinformatikte “saha”; yalnızca örneğin toplandığı fiziksel alan ya da taşınabilir omik cihazlarla yerinde veri üretimi değildir. Uygulama ihtiyaçlarının, araştırma sorularının, Ar-Ge ve proje akışlarının, partner ağlarının, teknik birikimin, klinik ve ekolojik bağlamların ve açık verinin kesiştiği yeni araştırma ekosistemidir.
“Saha”, yeni araştırma sorularının ve bilgi akışlarının giriş noktasıdır.
Dolaşıma giren yalnızca omik veri değildir. Problem tanımı, yöntem bilgisi, iş birliği deneyimi, uygulama bağlamı ve know-how da araştırma akışının parçasıdır.
Uygulama İhtiyaçları
Klinik, ekolojik, koruma biyolojisi ve endüstriyel bağlamlar araştırma sorusunu ve öncelikleri biçimlendirir.
Proje Akışları
Ulusal ve uluslararası Ar-Ge projeleri, yeni yöntem ve veri gereksinimlerini araştırma gündemine taşır.
Partnerler ve Teknik Birikim
Çok uluslu biyoteknoloji şirketlerinin ülke partnerleri, araştırma grupları ve operasyonel deneyim; uygulama bilgisini dolaşıma sokar.
Açık Veri ve Taşınabilir Omik
Açık arşivler yeniden analizi; portable genomics ve portable multi-omics ise sahaya yakın veri üretimini mümkün kılar.
DNA Academy, farklı bilgi ve veri akışlarını ortak araştırma tasarımına bağlayan bir düğümdür.
Bu düğüm yalnızca veri işleyen bir merkez değildir. Uygulama ihtiyacı, proje deneyimi, teknik birikim, ıslak laboratuvar ve klinik çıktılar ile açık veri aynı araştırma mimarisinde buluşur.
MULTİ-OMİK BİYOİNFORMATİK
VE SİSTEM BİYOLOJİSİ
ENTEGRASYON DÜĞÜMÜ
Dağıtık araştırma, ampirik standardı azaltmaz; daha görünür hâle getirir.
Sert Bilim; nesnel gözleme, titiz kontrollü deneylere, ölçülebilir verilere ve matematiksel modellere dayanan ampirik ve nicel zemini ifade eder.
Nesnel Gözlem
Gözlem koşullarının tanımlanması ve bağımsız değerlendirmeye elverişli kayıt.
Kontrollü Deney
Değişkenlerin, kontrollerin ve karşılaştırma düzeninin açık kurulması.
Ölçülebilir Veri
Nicel sinyal, belirsizlik, hata ve varyasyonun birlikte raporlanması.
Matematiksel Modelleme
İlişkilerin, tahminlerin ve mekanizmaların biçimsel olarak sınanması.
Veri taşınabilir; bağlamı kendiliğinden taşınmaz.
Bilimsel bir iddia, onu üreten veri, eşik, parametre, sürüm ve yorum geçişleri geriye doğru izlenebildiğinde denetlenebilir.
Yeniden Üretilebilirlik
Aynı veri ve tanımlanmış iş akışıyla karşılaştırılabilir sonuçların yeniden elde edilmesi.
Yeniden Kullanılabilirlik
Verinin yeni bir soruda anlamlı bağlam ve uygun sınırlamalarla tekrar kullanılabilmesi.
Denetlenebilirlik
Veriden iddiaya uzanan tercihlerin, gerekçelerin ve yorum sınırlarının bağımsız olarak incelenebilmesi.
Multi-omik entegrasyon, yalnızca veri katmanlarını değil karar katmanlarını da birleştirir.
Genom, transkriptom, epigenom, mikrobiyom ve fenotip arasında kurulan her bağlantı; örnekleme, ölçek, normalizasyon, referans ve model seçimi kararlarına bağlıdır.
Bilimsel çıktıyı, bağlamı ve onu üreten seçimlerle birlikte okuyabilme kapasitesi.
Paradigma krizlerinin ortak kırılma noktası, veriden iddiaya uzanan kritik karar geçişlerinin görünmezleşmesidir.
Multi-Omik Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi Entegrasyon Düğümü
DNA Academy; saha, ıslak laboratuvar, klinik, açık veri, hesaplamalı analiz ve sistem düzeyi yorum arasında bağlantı kuran eğitimsel, hesaplamalı ve kavramsal bir düğüm olarak çalışır.
COST Uluslararası Uzmanlar Ağı
COST bünyesindeki uluslararası uzmanlar ağında yer alarak edindiğimiz izlenimler; bilim dünyasındaki ortak çalışma heyecanını, sınırları aşan iş birliklerini ve kolektif üretim kültürünün haritasını çok daha yakından okumamıza katkı sağlıyor.
Paradigma Krizleri Çalışma Arşivi
Yeniden üretilebilirlik, referans yanlılığı, bağlam kaybı, ölçek uyumsuzluğu ve yorum taşkınlığını ortak karar mimarisi içinde ilişkilendirir.
Seçilmiş akademik kaynaklar
Perspektif; açık bilim, iş birliği ağları, sistem biyolojisi, multi-omik entegrasyon ve yeniden üretilebilir hesaplamalı araştırma literatürünü birlikte okur.
Dağıtık bilim, iş birliği ve bilgi dolaşımı
- Powell, W. W., Koput, K. W. & Smith-Doerr, L. (1996). Interorganizational collaboration and the locus of innovation: Networks of learning in biotechnology. Administrative Science Quarterly, 41(1), 116–145.
- Wuchty, S., Jones, B. F. & Uzzi, B. (2007). The increasing dominance of teams in production of knowledge. Science, 316(5827), 1036–1039.
- Fortunato, S. et al. (2018). Science of science. Science, 359(6379), eaao0185.
- Ward, V., House, A. & Hamer, S. (2009). Knowledge brokering: The missing link in the evidence to action chain? Evidence & Policy, 5(3), 267–279.
Sistem biyolojisi ve multi-omik entegrasyon
- Kitano, H. (2002). Systems biology: A brief overview. Science, 295(5560), 1662–1664.
- Barabási, A.-L. & Oltvai, Z. N. (2004). Network biology: Understanding the cell’s functional organization. Nature Reviews Genetics, 5, 101–113.
- Hasin, Y., Seldin, M. & Lusis, A. (2017). Multi-omics approaches to disease. Genome Biology, 18, 83.
- Thomsen, P. F. & Willerslev, E. (2015). Environmental DNA—An emerging tool in conservation for monitoring past and present biodiversity. Biological Conservation, 183, 4–18.
- Quick, J. et al. (2016). Real-time, portable genome sequencing for Ebola surveillance. Nature, 530, 228–232.
Açık bilim, izlenebilirlik ve yeniden üretilebilirlik
- Wilkinson, M. D. et al. (2016). The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Scientific Data, 3, 160018.
- Sandve, G. K. et al. (2013). Ten simple rules for reproducible computational research. PLoS Computational Biology, 9(10), e1003285.
- Wilson, G. et al. (2014). Best practices for scientific computing. PLoS Biology, 12(1), e1001745.
- Goodman, S. N., Fanelli, D. & Ioannidis, J. P. A. (2016). What does research reproducibility mean? Science Translational Medicine, 8(341), 341ps12.
- Nosek, B. A. et al. (2015). Promoting an open research culture. Science, 348(6242), 1422–1425.
- Munafò, M. R. et al. (2017). A manifesto for reproducible science. Nature Human Behaviour, 1, 0021.
- National Academies of Sciences, Engineering, and Medicine (2019). Reproducibility and Replicability in Science. The National Academies Press.