14 Modül
6 Öğrenme Rotası
2026/2027
Akademik Dönemi
Program; biyolojik ve deneysel temelleri, uygulamalı biyoinformatiği, ileri omik analizlerini ve sistem biyolojisini modüler bir akademik yapı içinde bir araya getirir.
Modül kodları ve kartlardaki İncele bağlantıları ilgili modülün ayrıntılı sayfasını yeni sekmede açar.
Temel Modüller ve İleri Uzmanlık Döngüsü
Temel ve yatay modüller kış sömestri ve yaz tatili dönemlerinde canlı ve çevrimiçi olarak gerçekleştirilir. Önceki canlı eğitim dönemlerine ait ders kayıtları ve materyalleri asenkron olarak da sunulur. İleri uzmanlık ve sistem biyolojisi modülleri akademik yıl içinde bir kez gerçekleştirilir.
İleri Uzmanlık ve Sistem Biyolojisi Modülleri
Akademik yıl içinde bir kez gerçekleştirilir. BIF201’den itibaren tüm ileri modüller uygulamalı yürütülür. Temel hazırlığa ihtiyaç duyan katılımcılar, temel giriş modüllerinin önceki canlı eğitim dönemlerine ait ders kayıtları ve materyalleri üzerinden ileri modüllere hazırlanabilir.
Çoklu Giriş Noktası
Katılımcılar mevcut bilgi ve deneyimlerine göre uygun başlangıç noktasını seçebilir. Önceki eğitim ve deneyim, yeterlilik değerlendirmesinde dikkate alınır.
Yatay Temeller
PYT101 uygulamalı programlama ve yeniden üretilebilir analiz; STR101 Adli DNA Analizleri ve analitik güvence; BIOPHYL101 kavramsal ve yöntemsel okuryazarlık kazandırır.
İleri Modüllere Hazırlık
Temel modüllerin yılda iki kez açılması, katılımcıların ileri modüller öncesinde gerekli hazırlığı tamamlamasına ve akademik takvimini önceden planlamasına yardımcı olur.
Modüller ve Akademik Kapsamları
Her modül bağımsız olarak tamamlanabilir ve program içinde belirli bir akademik kapsama sahiptir. PYT101 uygulamalı programlama temeli sunar; BIF201’den itibaren ileri modüller uygulamalı yürütülür.
Biyolojik Temel
Örneği, biyolojik sistemi ve verinin deneysel kökenini anlama.
Hesaplamalı ve Yatay Temel
Analiz, uygulamalı programlama, Adli DNA Analizleri, validasyon ve bilimsel yorum.
Adli DNA Analizleri
Adli DNA profilleme, STR analizi, sonuçların değerlendirilmesi ve raporlanması; doğrulanabilir ve bütünüyle izlenebilir wet lab–dry lab iş akışları.
Yüksek analitik hassasiyet gerektiren multi-omik veri üretimi yetkinliği için ayrıca önerilir.
İncele↗Genomik Veri Analizlerine Giriş
Veri formatları, kalite kontrol, referans seçimi ve biyoinformatik karar zinciri.
İncele↗Biyoinformatik: Python’a Giriş
Python, Biopython, Pandas ve NumPy ile genomik ve multi-omik analizin hesaplamalı temeli.
İncele↗Biyoloji Felsefesine Giriş
Açıklama, nedensellik, model, kanıt ve biyolojik yorumun sınırları.
İncele↗BIF İleri Uzmanlık Serisi
Uygulamalı genomik analiz, fonksiyonel genomik, tek hücreli omikler, multi-omik entegrasyon ve açıklanabilir modelleme.
Genomik Veri Analizleri
Kalite kontrol, hizalama, kapsama değerlendirmesi, varyant çağrımı, filtreleme, anotasyon ve biyolojik yorum.
İncele↗İleri Düzey Fonksiyonel Genomik Veri Analizleri
Bulk RNA-Seq, ChIP-Seq ve ATAC-Seq verilerinde diferansiyel gen ifadesi, peak calling, anotasyon ve yolak analizleri.
İncele↗Tek Hücreli Transkriptomik ve Epigenomik Veri Analizleri
scRNA-Seq ve scATAC-Seq verilerinde normalizasyon, kümeleme, hücre tipi belirleme, pseudotime ve kromatin erişilebilirliği analizleri.
İncele↗Multi-omik Veri Entegrasyonu ve Sistem Biyolojisi
Boyut indirgeme, multimodal entegrasyon, korelasyon, ağ ve yolak analizleriyle farklı omik katmanlarının birlikte değerlendirilmesi.
İncele↗Multi-omik Modelleme ve Açıklanabilir Makine Öğrenimi
Validasyon, ağaç tabanlı modeller, Partial Dependence, SHAP, biyolojik yorum ve genellenebilirlik.
İncele↗Mikrobiyom, Metagenomik ve Holobiont Sistem Biyolojisi
16S topluluk analizleri, shotgun metagenomik, MAG, fonksiyonel anotasyon ve holobiont multi-omik analizleri.
Karşılaştırmalı 16S Metagenomik Analizleri
Illumina kısa okuma ve Oxford Nanopore tam-boy 16S verilerinde ASV, tür/suş çözünürlüğü ve ekolojik analizler.
İncele↗Shotgun Metagenomik Analizleri
De novo birleştirme, MAG oluşturma ve fonksiyonel anotasyon.
İncele↗Holobiont Multi-omik Biyoinformatik
Konak, mikrobiyom, metabolom, fenotip ve çevresel verilerin birlikte analizi.
İncele↗Modüller Arasındaki İlerleme İlişkileri
Aşağıdaki ağ, temel modüllerden ileri uzmanlık modüllerine geçişte en sık kullanılan bağlantıları ve uzmanlık alanlarını gösterir.
Biyolojik ve Yatay Temeller
STR101, Adli DNA Analizleri odağında bağımsız ve çapraz bir yatay modüldür; yüksek analitik hassasiyet gerektiren multi-omik veri üretimi süreçlerine de validasyon ve izlenebilirlik taşır.
Uygulamalı Genomik Veri Analizleri
Genomik ve Transkriptomik Hat
Mikrobiyom ve Metagenomik Hat
Holobiont Multi-omik ve Sistem Biyolojisi
Altı Öğrenme Rotası
Her rota, belirli bir araştırma veya uygulama alanı için temel ve ileri modüllerin önerilen sıralamasını gösterir.
01Genomik–Transkriptomik Veri Analizi
Genomik, transkriptomik, tek hücreli ve multi-omik veri analizleri.
+
Genomik–Transkriptomik Veri Analizi
Genomik, transkriptomik, tek hücreli ve multi-omik veri analizleri.
02Mikrobiyom ve Metagenomik Veri Analizi
16S, shotgun metagenomik, MAG, fonksiyonel anotasyon ve holobiont analizleri.
+
Mikrobiyom ve Metagenomik Veri Analizi
16S, shotgun metagenomik, MAG, fonksiyonel anotasyon ve holobiont analizleri.
03Adli DNA Analizleri ve Analitik Güvence
Adli DNA profilleme, analitik güvence ve forensik genomik uygulamaları.
+
Adli DNA Analizleri ve Analitik Güvence
Adli DNA profilleme, analitik güvence ve forensik genomik uygulamaları.
Adli DNA analizleri: STR profilleme, kalite kontrol, sonuç değerlendirme, raporlama ve bütünüyle izlenebilir wet lab–dry lab iş akışları. Forensik genomik: BIF101 ile 2. nesil dizileme (NGS) verilerinin analitik çerçevesi; MIC101 ile forensik mikrobiyom ve mikrobiyal izlerin değerlendirilmesi.
Yüksek analitik hassasiyet gerektiren multi-omik veri üretimi yetkinliği için ayrıca önerilir.
04Holobiont Multi-omik ve Sistem Biyolojisi
Konak, mikrobiyom, metabolom ve çevresel verilerin birlikte analizi.
+
Holobiont Multi-omik ve Sistem Biyolojisi
Konak, mikrobiyom, metabolom ve çevresel verilerin birlikte analizi.
05Biyolojik Veri Bilimi, Makine Öğrenimi ve XAI
Validasyon, modelleme, açıklanabilirlik ve genellenebilirlik.
+
Biyolojik Veri Bilimi, Makine Öğrenimi ve XAI
Validasyon, modelleme, açıklanabilirlik ve genellenebilirlik.
06Koruma Genomiği, eDNA, Metagenomik ve Ekosistem Dinamikleri
eDNA, metabarkodlama, çevresel metagenomik, koruma genomiği ve ağ biyolojisi.
+
Koruma Genomiği, eDNA, Metagenomik ve Ekosistem Dinamikleri
eDNA, metabarkodlama, çevresel metagenomik, koruma genomiği ve ağ biyolojisi.
eDNA, metabarkodlama, çevresel metagenomik, genomik, transkriptomik ve ağ biyolojisi yaklaşımları koruma araştırmaları bağlamında birlikte değerlendirilir. Konak–mikrobiyom–çevre ilişkilerinin incelendiği çalışmalarda HMB601 holobiont ve sistem biyolojisi analizlerine katkı sağlar.
Temel ve İleri Modüllerin Akademik Takvimi
Temel ve Yatay Modüller
KIŞ SÖMESTRİ + YAZ TATİLİ
YILDA 2 KEZCanlı Dönem + Önceki Dönem Ders Kayıtları ve Materyalleri