14 Modül. 6 Öğrenme Rotası.
Tek Akademik Ekosistem.
Biyolojik ve deneysel temellerden uygulamalı hesaplamalı veri analizine; ileri omik uzmanlıklarından sistem biyolojisi sentezine uzanan planlanabilir ve çoklu giriş noktalı bir öğrenme mimarisi.
İki Akademik Ritim. Tek Planlanabilir İlerleyiş.
Temel ve yatay modüller yıl içinde iki erişim penceresi sunar. İleri uzmanlık ve sistem biyolojisi sentezi modülleri ise akademik yıl içinde bir kez açılan, önceden planlanabilir bir gelişim hattı oluşturur.
Temel ve Yatay Yetkinlik Modülleri
Kış sömestri ve yaz tatili dönemlerinde gerçekleştirilir. Katılımcı, alan temelini veya eksik hesaplamalı yetkinliğini yıl içinde iki farklı pencerede tamamlayabilir.
İleri Uzmanlık ve Sistem Biyolojisi Sentezi Modülleri
Akademik yıl içinde bir kez gerçekleştirilir. BIF201’den itibaren tüm ileri modüller uygulamalıdır; ön koşullar, hedeflenen uzmanlık alanı ve öğrenme rotası önceden planlanır.
Çoklu Giriş Noktası
Herkes 101 düzeyinden başlamak zorunda değildir. Ön bilgi ve deneyim, uygun yeterlilik değerlendirmesiyle tanınabilir.
Yatay Temeller
PYT101 uygulamalı programlama ve yeniden üretilebilir analiz; STR101 Adli DNA Analizleri ve analitik güvence; BIOPHYL101 kavramsal ve yöntemsel okuryazarlık kazandırır.
Planlanabilir Uzmanlık
Temel modüllerin yılda iki kez açılması, yıllık ileri uzmanlık döngüsüne hazırlanmayı ve kişisel rotayı önceden kurmayı sağlar.
Modülleri Önce Rolleriyle Tanıyın.
Her modül, tek başına bir eğitim olmanın ötesinde; bütüncül öğrenme mimarisi içinde belirli bir akademik işlev üstlenir. PYT101 uygulamalı programlama temeli sunar; BIF201’den itibaren tüm ileri modüller uygulamalı yürütülür.
Biyolojik Temel
Örneği, biyolojik sistemi ve verinin deneysel kökenini anlama.
DNA Analizlerine Giriş
DNA izolasyonu, PCR, qPCR, Sanger dizileme ve moleküler analiz temelleri.
Genomik Temelli Mikrobiyom Analizlerine Giriş
Mikrobiyal ekoloji, örnekleme, deneysel tasarım ve çevresel bağlam.
Hesaplamalı ve Yatay Temel
Analiz, uygulamalı programlama, Adli DNA Analizleri, validasyon ve bilimsel yorum.
Adli DNA Analizleri
Adli DNA profilleme, STR analizi, sonuçların değerlendirilmesi ve raporlanması; doğrulanabilir ve bütünüyle izlenebilir wet lab–dry lab iş akışları.
Yüksek analitik hassasiyet gerektiren multi-omik veri üretimi yetkinliği için ayrıca önerilir.
Genomik Veri Analizlerine Giriş
Veri formatları, kalite kontrol, referans seçimi ve biyoinformatik karar zinciri.
Biyoinformatik: Python’a Giriş
Python, Biopython, Pandas ve NumPy ile genomik ve multi-omik analizin hesaplamalı temeli.
Biyoloji Felsefesine Giriş
Açıklama, nedensellik, model, kanıt ve biyolojik yorumun sınırları.
BIF İleri Uzmanlık Serisi
BIF201’den itibaren tümü uygulamalı: uçtan uca analizden tek hücre, multi-omik ve açıklanabilir modellemeye.
Uygulamalı Genomik Veri Analizi
Uçtan uca, belgelenebilir ve yeniden üretilebilir analiz iş akışları.
İleri Bulk Genomik Veri Analizleri
RNA-Seq, ChIP-Seq, ATAC-Seq ve düzenleyici genom analizleri.
Tek Hücreli ve İleri Epigenetik Analizler
Hücresel heterojenlik ve tek hücre çözünürlüğünde omik analizler.
Çoklu Omik Analiz ve Entegrasyon
Omik katmanlardan ilişkisel örüntülere, ağ biyolojisine ve sistem biyolojisi sentezine.
Makine Öğrenimi ve Gelecek Perspektifleri
Geçerli modelleme, XAI, biyolojik yorumlanabilirlik ve genellenebilirlik.
Mikrobiyom İleri Uzmanlık ve Sistem Biyolojisi Sentezi
Tümü uygulamalı: topluluk çözümlemesinden metagenomik işleve ve holobiont bütünlüğüne.
Karşılaştırmalı 16S Metagenomik Analizleri
Kısa ve Uzun Okumadan ASV, Tür ve Suş Düzeyi Çözünürlüğe.
Shotgun Metagenomik Analizleri
De novo birleştirme, MAG oluşturma ve fonksiyonel anotasyon.
Holobiont Multi-omik Biyoinformatik
Konak, mikrobiyom, çevre ve omik katmanların sistem düzeyi sentezi.
Önce Temel. Sonra Analiz. Ardından Uzmanlık ve Sentez.
Modüller tek bir zorunlu sıra oluşturmaz. Aşağıdaki ağ, en yaygın ilerleme ilişkilerini ve uzmanlık ayrımlarını görünür kılar.
Biyolojik ve Yatay Temeller
STR101, Adli DNA Analizleri odağında bağımsız ve çapraz bir yatay modüldür; yüksek analitik hassasiyet gerektiren multi-omik veri üretimi süreçlerine de validasyon ve izlenebilirlik taşır.
Uygulamalı ve Yeniden Üretilebilir Analiz Çekirdeği
Genomik ve Transkriptomik Hat
Mikrobiyom ve Metagenomik Hat
Konak–Mikrobiyom–Çevre Sistem Biyolojisi Sentezi
Tek Bir Sıra Değil, Hedefe Göre Kurulan Altı Rota.
Her rota, belirli bir araştırma veya uygulama alanı için ortak temelleri ve ileri uzmanlık modüllerini farklı biçimde bir araya getirir.
01Genomik–Transkriptomik Veri Analizi
Genomdan ifadeye, ifadeden hücreye, hücreden sisteme.
+
Genomik–Transkriptomik Veri Analizi
Genomdan ifadeye, ifadeden hücreye, hücreden sisteme.
Kalite kontrol, hizalama ve varyant analizinden RNA-Seq, düzenleyici genom, tek hücre, multi-omik ve açıklanabilir modellemeye uzanır.
02Mikrobiyom ve Metagenomik Veri Analizi
Konaktan topluluğa, diziden işleve, mikrobiyomdan holobionta.
+
Mikrobiyom ve Metagenomik Veri Analizi
Konaktan topluluğa, diziden işleve, mikrobiyomdan holobionta.
Amplikon temelli topluluk analizinden shotgun metagenomik, MAG, fonksiyonel anotasyon ve holobiont sentezine ilerler.
03Adli DNA Analizleri ve Analitik Güvence
Adli DNA profillemeden doğrulanabilir sonuca; klasik STR analizlerinden yeni nesil forensik uygulamalara.
+
Adli DNA Analizleri ve Analitik Güvence
Adli DNA profillemeden doğrulanabilir sonuca; klasik STR analizlerinden yeni nesil forensik uygulamalara.
Adli DNA analizleri: STR profilleme, kalite kontrol, sonuç değerlendirme, raporlama ve bütünüyle izlenebilir wet lab–dry lab iş akışları. Yeni nesil forensik açılım: BIF101 ile MPS/NGS; MIC101 ile forensik mikrobiyom ve mikrobiyal izlerin değerlendirilmesi.
Yüksek analitik hassasiyet gerektiren multi-omik veri üretimi yetkinliği için ayrıca önerilir.
04Holobiont Multi-omik ve Sistem Biyolojisi
Konağı ve mikrobiyomu ayrı ayrı çözümle; holobiontu sistem olarak anla.
+
Holobiont Multi-omik ve Sistem Biyolojisi
Konağı ve mikrobiyomu ayrı ayrı çözümle; holobiontu sistem olarak anla.
Konak genomik ve transkriptomik verilerini mikrobiyom, metagenomik ve çevresel katmanlarla bütünleştirir. BIF401 ve BIF601, gerektiğinde ileri çözünürlük ve modelleme sağlar.
05Biyolojik Veri Bilimi, Makine Öğrenimi ve XAI
Veriden örüntüye, örüntüden açıklanabilir öngörüye.
+
Biyolojik Veri Bilimi, Makine Öğrenimi ve XAI
Veriden örüntüye, örüntüden açıklanabilir öngörüye.
Veri sızıntısı, geçerli modelleme, özellik seçimi, SHAP/LIME, biyolojik yorumlanabilirlik ve genellenebilirlik odağında ilerler.
06Koruma Genomiği, eDNA, Metagenomik ve Ekosistem Dinamikleri
Örnekten türe, eDNA’dan metagenomiğe, ağlardan ekosistem dinamiklerine.
+
Koruma Genomiği, eDNA, Metagenomik ve Ekosistem Dinamikleri
Örnekten türe, eDNA’dan metagenomiğe, ağlardan ekosistem dinamiklerine.
Doğal örneklerden genetik izlere; eDNA’dan tür ve topluluk çözünürlüğüne, metabarkodlamadan çevresel metagenomiğe; genomik ve transkriptomik yanıtlardan ağ biyolojisine, multi-omik ilişkilerden ekosistem dinamiklerine ve koruma kararlarına uzanır. Konak–mikrobiyom–çevre ilişkilerinin birlikte incelendiği çalışmalarda HMB601 sistem biyolojisi sentezi sağlar.
Temel Modüllerde Erişim Esnekliği. İleri Modüllerde Planlı Uzmanlaşma.
Temel ve Yatay Modüller
Kış Sömestri + Yaz Tatili
Yılda 2 Kez