Önder Akyün

2019 yılında kurduğum NARDO Biyoteknoloji ile Türkiye’de üçüncü nesil uzun okuma DNA ve RNA dizileme teknolojilerinin, özellikle Oxford Nanopore Technologies platformlarının, araştırma ve uygulama ekosisteminde yaygınlaştırılmasına yönelik çalışmalar yürütüyorum.

NARDO Biyoteknoloji’nin çalışma alanları; sabit ve taşınabilir genomik laboratuvarların kurulumu, saha araştırmalarına yönelik mobil sistemlerin geliştirilmesi, gerçek zamanlı veri üretimi ve analizi, antik DNA, çevresel DNA, adli DNA analizleri, mikrobiyal genomik, metagenomik, mikrobiyom araştırmaları, kişiselleştirilmiş tıp ve koruma biyolojisi projelerini kapsıyor.

Saha genomikleri, mobil laboratuvar sistemleri ve gerçek zamanlı dizileme uygulamaları aracılığıyla biyolojik verinin yalnızca merkezi laboratuvarlarda değil, araştırma sorusunun ortaya çıktığı doğal ve operasyonel koşullarda da üretilebilmesini önemsiyorum.

Bilimsel yaklaşımımda, tek bir referans genoma dayalı analizlerin ötesine geçen pangenomik perspektif önemli bir yer tutuyor. Tür içi genomik çeşitliliğin, yapısal varyasyonların, kopya sayısı değişimlerinin, haplotip farklılıklarının ve popülasyon düzeyindeki genomik örüntülerin daha doğru temsil edilebilmesi için pangenom yaklaşımının araştırma ve uygulama altyapılarında yaygınlaştırılmasına odaklanıyorum.

Bununla birlikte organizmayı yalnızca kendi genomundan ibaret görmeyen; konak genomunu, mikrobiyomunu, metabolik etkileşimlerini, bağışıklık yanıtlarını, çevresel maruziyetlerini ve ekolojik ilişkilerini birlikte değerlendiren holobiont yaklaşımını çalışmalarımın temel kavramsal eksenlerinden biri olarak ele alıyorum.

Genomik, metagenomik, transkriptomik ve diğer multi-omik veri katmanlarının bütünleştirilmesini; kişiselleştirilmiş tıp, toplum sağlığı, One Health, koruma biyolojisi ve ekosistem sağlığı çalışmalarının ortak metodolojik zemini olarak görüyorum.

NARDO Biyoteknoloji’nin bilimsel eğitim birimi olan DNA Academy Multi-omik & Biyoinformatik Öğrenme Ekosistemi bünyesinde, araştırmacılara, öğrencilere ve yaşam bilimleri profesyonellerine yönelik uygulamalı genomik, biyoinformatik ve multi-omik eğitim programları tasarlıyor ve koordine ediyorum.

DNA Academy’nin eğitim mimarisi, wet lab süreçleri ile dry lab veri analizini birbirinden bağımsız aşamalar olarak değil; örnekleme ve deney tasarımından veri üretimine, kalite kontrolünden biyoinformatik analize ve biyolojik yoruma uzanan bütüncül bir karar zinciri olarak ele alıyor.

Eğitim programlarında yalnızca belirli yazılımların veya komutların kullanımına değil; araştırma sorusunun doğru tanımlanmasına, teknoloji seçimine, veri kalitesinin eleştirel değerlendirilmesine, analiz adımlarının sonuçlar üzerindeki etkisine ve yeniden üretilebilir çalışma hatlarının kurulmasına odaklanıyorum.

Profesyonel kariyerime Türkiye’nin ilk akredite klinik laboratuvarı olan Düzen Laboratuvarlar Grubu’nda başladım. Bu dönem klinik laboratuvar iş akışları, analitik kalite, standardizasyon, örnek yönetimi ve sonuç güvenilirliği konularındaki mesleki temelimi oluşturdu.

Daha sonra Thermo Fisher Scientific’in Applied Biosystems, Invitrogen ve Ion Torrent markaları ile Hamilton Robotics teknolojilerini Türkiye’de temsil eden yapılarda yaşam bilimleri bölge yönetimi, adli genetik satış yönetimi ve proje koordinasyonu görevlerinde bulundum.

Türkiye genelinde Sanger dizileme ve 2. nesil dizileme sistemlerinin kurulumu, laboratuvar otomasyonu, protokol validasyonu, kullanıcı eğitimi ve araştırma altyapılarının geliştirilmesi süreçlerinde görev aldım. Aziz Sancar Araştırma Merkezi ve Türkiye Genom Projesi Faz I başta olmak üzere üniversiteler, genetik tanı merkezleri, adli ve kriminal laboratuvarlar, veterinerlik kurumları ve tarımsal araştırma enstitüleriyle yürütülen projelere katkı sundum.

EYS ve NARDO kariyerim boyunca, yaşam bilimlerinin multidisipliner ve interdisipliner alanlarında yürütülen TÜBİTAK, TÜSEB, TAGEM, ERC, Avrupa Birliği, üniversite BAP ve kurumsal Ar-Ge projelerinde; materyal seçimi, metodoloji, deney tasarımı, platform seçimi, iş akışı kurulumu, validasyon ve uygulama eğitimlerine doğrudan katkı sundum. Bu projelerin gerektirdiği cihaz, kit, reaktif ve sarf malzemelerinin yurt içi ve yurt dışı tedarik süreçlerini de yürüttüm.

Bu fonlu ve kurumsal proje hattından ayrı olarak, EYS ve NARDO kariyerim boyunca Türkiye genelindeki üniversitelerde yaşam bilimlerinin multidisipliner ve interdisipliner alanlarında yürütülen yüzlerce yüksek lisans ve doktora tez çalışmasına doğrudan yöntemsel, teknolojik ve operasyonel katkı sundum. Araştırma sorusunun uygulanabilir bir yöntemsel mimariye dönüştürülmesi; materyal ve örnekleme stratejisinin belirlenmesi; metodoloji ve deney tasarımının kurulması; teknoloji/platform ve cihaz seçimi; analiz iş akışlarının yapılandırılması; protokol validasyonu ve araştırmacı uygulama eğitimleri bu katkının temel bileşenlerini oluşturdu. Tez çalışmalarının gerektirdiği cihaz, kit, reaktif ve sarf malzemelerinin yurt içi ve yurt dışı tedarik süreçlerini de yürüttüm.

Aralık 2025’te COST Association uzman havuzuna genomik ve biyoinformatik alanlarında External COST Expert olarak atandım. COST Açık Çağrısı kapsamında sunulan araştırma ağı önerilerinin bilimsel kalite, metodolojik tutarlılık, uluslararası ağ yapısı, etki ve uygulanabilirlik boyutlarında değerlendirilmesine katkı sunmak üzere uluslararası araştırma ekosisteminde bağımsız dış hakem olarak yer alıyorum. Bu görev aracılığıyla uluslararası akademik ve sektörel iş birliği ağlarımı da genişletiyorum.

Bugün çalışmalarımı; bilimsel üretimi destekleyen sürdürülebilir araştırma altyapılarının geliştirilmesi, araştırmacıların ileri teknik bilgi ve teknolojilere erişiminin güçlendirilmesi ve Türkiye’de geliştirilen genomik ve biyoinformatik kapasitenin uluslararası bilim, teknoloji ve girişimcilik ağlarıyla buluşturulması hedefleri doğrultusunda sürdürüyorum.

Küresel standartlarla uyumlu, açık bilim ve yeniden üretilebilirlik ilkelerini benimseyen, çok merkezli ve disiplinler arası iş birliklerine açık araştırma altyapıları geliştirmeyi; Türkiye’nin yalnızca biyoteknoloji kullanan değil, bilgi, yöntem ve çözüm üreten uluslararası bir aktör hâline gelmesine katkı sunmayı hedefliyorum.