DNA Academy - Biyoinformatik: Genomik Veri Analizi Sertifika Programları - Canlı - Çevrimiçi
〰️ Ön kayıt için lütfen sayfanın sonunda yer alan formu doldurunuz.
DNA Academy - Biyoinformatik: Genomik Veri Analizi Sertifika Programları - Canlı - Çevrimiçi 〰️ Ön kayıt için lütfen sayfanın sonunda yer alan formu doldurunuz.
Canlı & Çevrimiçi (Online) Eğitim Modülleri
Canlı ve çevrimiçi oturumlarla yürütülen eğitimlerimiz, interaktif çevrimiçi platform üzerinden uygulamalı olarak gerçek zamanlı demo, vaka incelemeleri ve soru-cevap seanslarıyla zenginleştirilmiştir. Uzman eğitmenlerimizle eş zamanlı olarak katıldığınız derslerde, karmaşık kavramlar anında açıklanır; uygulamalı örnekler ve canlı tartışmalar sayesinde bilgiyi hemen pekiştirir, doğrudan yetkinlikler kazanırsınız.
DNA Academy - Uygulamalı Biyoinformatik:
Genomik Veri Analizleri Sertifika Programları
DNA Academy ile eksik bilgilerinizi güncelleyin, yeni bilgilerle uzmanlığınızı pekiştirin, geleceğin bilimine bugün adım atın!
DNA Academy’nin canlı ve çevrimiçi olarak yürüttüğü bu sertifika programları, genomik ve biyoinformatik alanındaki en güncel uygulamalara odaklanır. DNA ve RNA dizileme verilerinin analizi, kalite kontrol adımları, referans/genom temelli yaklaşımlar ve raporlama süreçleri bütüncül bir şekilde ele alınır.
Programlar; araştırmacılar, doktora adayları, lisans ve lisansüstü öğrenciler, yeni mezunlar, biyoteknoloji ve sağlık sektörü profesyonelleri için tasarlanmıştır. Böylece hem sahada çalışanlara hem de akademik kariyer hedefleyenlere uygulanabilir bir içerik sunulur.
Bu özel eğitim serisi sayesinde:
Güncel genomik veri analizi yöntemlerine hakim olur,
Daha önce edindiğiniz bilgileri günceller,
Uluslararası literatürdeki eğilimleri yakından takip eder,
Kendi verilerinizi daha doğru ve hızlı yorumlayabilirsiniz.
Sizi bilimin sınırlarını zorlamaya; akademik ya da mesleki yolculuğunuzda yeni ufuklar açmaya davet ediyoruz.
〰️ DNA Academy 〰️ Uygulamalı Biyoinformatik - Uygulamalı Genomik Veri Analizleri - Sertifika Eğitimleri
〰️ DNA Academy 〰️ Uygulamalı Biyoinformatik - Uygulamalı Genomik Veri Analizleri - Sertifika Eğitimleri
Uygulamalı Biyoinformatik:
Genomik Veri Analizleri
Sertifika Eğitimi
BIF201 modülü, genomik veri analizlerinde kullanılan yöntemleri ve iş akışlarını orta seviye uygulamalarla öğrenmenizi sağlayan kapsamlı bir eğitimdir. BIF101’de edinilen temellerin üzerine inşa edilen bu programda katılımcılar, gerçek NGS (kısa okuma) ve 3. nesil uzun okuma (ONT/PacBio) veri setleri üzerinde pratik deneyim kazanacaktır.
Eğitim boyunca Google Colab üzerinde erişilebilir bir ortamda; FastQC, MultiQC, NanoPlot, Cutadapt, Porechop, Filtlong, BWA-MEM, Minimap2, SAMtools, BCFtools, VCFtools, bedtools ve SnpEff gibi güncel biyoinformatik araçlarla kalite kontrol, trimming, hizalama, varyant çağrımı ve anotasyon adımları uçtan uca uygulanır. Hizalama sonrası kalite ve kapsama analizi için Picard/Sambamba (duplikasyon işaretleme) ve mosdepth (kapsama derinliği) araçları da tanıtılır.
Elde edilen çıktı dosyaları (BAM, VCF vb.), görselleştirme için IGV ve JBrowse2 gibi genome browser’larda incelenir. IGV masaüstü ve JBrowse2 web arayüzleri üzerinden görselleştirme yapılır; Colab’da üretilen BAM/VCF çıktıları bu platformlarda incelenir.
Program kapsamında ayrıca, klinik genomikte yaygın kullanılan GATK (Genome Analysis Toolkit) araç seti kısaca tanıtılacak; ayrıntılı uygulamalar ise ileri modüllerde (BIF301–BIF401) ele alınacaktır.
Uygulamalı Biyoinformatik:
İleri Düzey Genomik Veri Analizleri
Sertifika Eğitimi
BIF301 modülü, genomik veri analizlerinde ileri düzey yöntemleri bulk (toplu hücre/doku bazlı) veri setleri üzerinden uygulamalı olarak öğretir. BIF201’de kazanılan becerilerin üzerine inşa edilen bu programda katılımcılar, özellikle transkriptom (bulk RNA-Seq) ve epigenom (ChIP-Seq, ATAC-Seq) analizlerinde derinleşecek; deney tasarımından diferansiyel ifade ve fonksiyonel zenginleştirmeye kadar tüm süreci uçtan uca uygulayacaktır.
Eğitim boyunca Google Colab üzerinde erişilebilir bir ortamda; kalite kontrol için FastQC, MultiQC ve RSeQC, hizalama için STAR ve HISAT2, sayım (read counting) için FeatureCounts, diferansiyel gen ifade analizi için DESeq2, edgeR ve limma, epigenomik analizler için MACS2, ChIPseeker, HOMER ve deepTools, fonksiyonel zenginleştirme için clusterProfiler, GOseq ve ReactomePA gibi güncel biyoinformatik araçlar kullanılacaktır. Tüm analizler küçük boyutlu örnek veri setleriyle Colab üzerinde adım adım gerçekleştirilecektir.
Katılımcılar; diferansiyel gen ifadesi (DEG) çıkarımı, gen kümelerinin biyolojik yorumlanması (GO/KEGG yolak analizi), açık kromatin veya bağlanma bölgelerinin (ATAC-Seq / ChIP-Seq peak’leri) belirlenmesi ve bu bölgelerin hedef genlerle ilişkilendirilmesi gibi ileri seviye analizlerde yetkinlik kazanacaktır. Elde edilen çıktılar R/Python tabanlı görselleştirme araçlarıyla raporlanabilir hale getirilecektir.
Program kapsamında ayrıca, RNA-Seq ve epigenom verilerinin klinik/genomik araştırmalarla nasıl ilişkilendirileceği tartışılacak; varyant odaklı GATK iş akışlarının bu tip ifade/epigenom analizleriyle nasıl birlikte düşünülebileceğine kısaca değinilecek; ayrıntılı GATK uygulamaları ise üst modüllerde (BIF401–BIF601) ele alınacaktır.
Uygulamalı Biyoinformatik:
Tek Hücreli ve İleri Epigenetik Veri Analizleri
Sertifika Eğitimi
BIF401 modülü, genomik veri analizlerinde tek hücreli transkriptom (scRNA-Seq) ve epigenom (scATAC-Seq) uygulamalarına odaklanan ileri seviye bir eğitimdir. BIF301’de kazanılan bulk veri analiz becerilerinin üzerine inşa edilen bu programda, katılımcılar hücresel heterojenliği çözümleyebilecek, gen ifade profillerini hücre bazında yorumlayabilecek ve tek hücreli epigenetik düzenleme mekanizmalarını analiz edebilecektir.
Eğitim boyunca Google Colab ve R/Python tabanlı çalışma ortamlarında; FastQC, MultiQC, Cell Ranger, Alevin, Seurat, Scanpy, DoubletFinder, Scrublet, Monocle, Slingshot, ArchR, Signac, Cicero, SnapATAC, MOFA ve Liger gibi güncel biyoinformatik araçlar kullanılacaktır.
Katılımcılar, tek hücreli RNA ve ATAC verilerinde kalite kontrol, normalizasyon, boyutsal indirgeme (PCA, UMAP, t-SNE), hücre kümelenmesi, marker gen analizi, trajektori (pseudotime) çıkarımı, kromatin erişilebilirliği ve çoklu omik veri entegrasyonu adımlarını uygulamalı olarak gerçekleştirecektir.
Elde edilen çıktı dosyaları (count matrix, peak matrix, cluster annotation vb.) IGV ve JBrowse2 gibi genome browser’lar ile görselleştirilir ve ileri incelemeler yapılır.
Program kapsamında ayrıca, tek hücreli omik verilerin biyolojik yorumlanması ve raporlanması için ileri görselleştirme teknikleri (heatmap, violin plots, cluster marker plots vb.) ele alınacak; böylece katılımcılar multi-omics yaklaşımıyla hücre bazlı genomik araştırmalarda profesyonel yetkinlik kazanarak daha üst düzey modüllere (BIF501–BIF601) hazırlanacaktır.
Uygulamalı Biyoinformatik:
Çoklu Omik Analizler ve Entegrasyon
Sertifika Eğitimi
BIF501 modülü, biyoinformatikte çoklu omik (multi-omics) entegrasyonuna odaklanan uzmanlık seviyesinde bir eğitimdir. BIF301 ve BIF401’de kazanılan ileri seviye bulk ve tek hücreli veri analizi becerilerinin üzerine inşa edilen bu programda katılımcılar; genomik, transkriptomik, epigenomik, proteomik ve metabolomik veri setlerinin entegrasyonunu öğrenir. Böylece biyolojik sistemlerin daha kapsamlı ve bütüncül şekilde incelenmesi hedeflenir.
Eğitim boyunca Google Colab ve R/Python tabanlı ortamlar kullanılarak; diferansiyel ifade ve veri hazırlığı için DESeq2, edgeR, limma, çoklu veri yapılarının yönetimi için MultiAssayExperiment; entegrasyon için mixOmics, MOFA, Liger, iClusterPlus, tek hücreli veriyle bağlantı gerektiğinde Seurat v4 ve Scanpy, yolak ve ağ düzeyinde inceleme için Cytoscape, STRING ve Pathway Commons kullanılacaktır. Elde edilen sonuçlar ileri görselleştirme için ggplot2, ComplexHeatmap, matplotlib ve seaborn kütüphaneleriyle incelenecektir.
Program kapsamında ayrıca, kanser genomikleri ve farmakogenomik gibi klinik vaka çalışmalarına dayalı örnekler üzerinden çoklu omik analizler ele alınacak; katılımcılar disiplinlerarası uygulamalara hazırlanacaktır.
Program sonunda katılımcılar farklı omik veri tiplerini bütünleştirerek sistem biyolojisi temelli çıkarımlar yapabilecek düzeye ulaşır. Yapay zekâ ve makine öğrenimi tabanlı ileri analiz yaklaşımları ise BIF601 modülünde ele alınacaktır.
Uygulamalı Biyoinformatik:
Genomik Veri Analizlerinde Makine Öğrenimi ve Gelecek Perspektifleri
Sertifika Eğitimi
BIF601 modülü, biyoinformatikte makine öğrenimi (ML), derin öğrenme (DL) ve yapay zekâ (AI) tabanlı yaklaşımlara odaklanan en ileri seviye eğitimdir. BIF501’de kazanılan çoklu omik entegrasyon becerilerinin üzerine inşa edilen bu programda katılımcılar, genomik veri setlerini ML/DL algoritmalarıyla analiz etmeyi, modelleri açıklanabilir hale getirmeyi ve kişiselleştirilmiş tıp senaryolarına uyarlamayı öğrenecektir.
Eğitim boyunca Google Colab ve bulut tabanlı çalışma ortamlarında; veri hazırlama ve özellik çıkarımı için pandas, NumPy, temel makine öğrenimi uygulamaları için scikit-learn ve XGBoost, derin öğrenme modelleri için TensorFlow, Keras ve PyTorch adım adım uygulanacaktır. Model seçimini otomatikleştirmek amacıyla AutoML, AutoKeras ve TPOT araçları tanıtılacak; kurulan modellerin neden o kararı verdiğini açıklayabilmek için SHAP ve LIME gibi açıklanabilir yapay zekâ (Explainable AI) yöntemleri gösterilecektir.
Büyük ölçekli genomik veri setleriyle çalışmak için Spark ML ve RAPIDS.ai gibi hızlandırıcı/büyük veri çerçevelerinin nasıl devreye alınacağı anlatılacak; elde edilen çıktıların biyolojik bağlamda yorumlanması için Cytoscape, STRING ve Pathway Commons üzerinde ağ ve yolak düzeyinde değerlendirme yapılacaktır.
Program kapsamında ayrıca, kişiselleştirilmiş tıp, farmakogenomik ve AI tabanlı klinik karar destek sistemleri örnek vaka çalışmalarıyla ele alınacak; böylece katılımcılar genomik veriyi yalnızca analiz etmekle kalmayıp gerçek hayattaki biyomedikal problemlere uygulayabilecek düzeye gelecektir.
DNA Academy - Uygulamalı Biyoinformatik: Genomik Veri Analizleri Sertifika Programları
BIF101, BIF201, BIF301, BIF401, BIF501 ve BIF601 modüllerinden oluşan genomik veri analizleri sertifika programlarımıza ön kayıt için lütfen aşağıdaki formu doldurunuz.
Ön kayıt formumuzu doldurmanız işleri hızlandırır ve size doğru yönlendirme yapmamızı sağlar.