Uygulamalı Biyoinformatik - Tek Hücreli ve İleri Epigenetik Veri Analizleri - Sertifika Eğitimi: BIF401 | Canlı - Çevrimiçi | 11 - 12 - 13 - 14 Mayıs 2026 | Pazartesi - Perşembe (4 Gün) - 19:00 - 22:00
〰️
Uygulamalı Biyoinformatik - Tek Hücreli ve İleri Epigenetik Veri Analizleri - Sertifika Eğitimi: BIF401 | Canlı - Çevrimiçi | 11 - 12 - 13 - 14 Mayıs 2026 | Pazartesi - Perşembe (4 Gün) - 19:00 - 22:00 〰️
Türkçe-İngilizce Sertifika ve Transkript verilecektir.
Bilgi ve Kayıt için İletişim: dna-academy@nardobiotech.com
Whatsapp: 0 549 502 13 14
BIF401 - Uygulamalı Biyoinformatik:
Tek Hücreli ve İleri Epigenetik Veri Analizleri - Sertifika Eğitimi
BIF401 modülü, genomik veri analizlerinde tek hücreli transkriptom (scRNA-Seq) ve tek hücreli epigenom (scATAC-Seq) uygulamalarına odaklanan ileri seviye bir eğitimdir. BIF301’de kazanılan bulk RNA-Seq ve epigenom analiz becerileri üzerine inşa edilen bu programda katılımcılar, hücresel heterojenliği çözümleyebilecek, gen ifade profillerini hücre bazında yorumlayabilecek ve tek hücreli düzeyde kromatin erişilebilirliğini analiz edebilecektir.
Eğitim boyunca Google Colab ve R/Python tabanlı çalışma ortamlarında; Seurat, Scanpy, DoubletFinder, Scrublet, Monocle, Slingshot, ArchR ve Signac gibi güncel tek hücreli biyoinformatik araçlar kullanılacak; 10x Genomics tabanlı veri yapıları tanıtılacak; analizler boyutu eğitim amaçlı küçültülmüş gerçek tek hücreli veri setleriyle adım adım uygulanacaktır.
Katılımcılar; tek hücreli RNA verilerinde kalite kontrol, normalizasyon, boyutsal indirgeme (PCA, UMAP, t-SNE), hücre kümelenmesi, marker gen analizi, trajektori (pseudotime) çıkarımı ve tek hücreli epigenetik verilerin yorumlanması adımlarında yetkinlik kazanacak; elde edilen çıktıları Seurat/Scanpy görselleştirme fonksiyonlarıyla raporlanabilir hale getirecektir.
Eğitim Seviyesi: Orta - İleri Seviye (Akademisyenler, Araştırmacılar ve İlgili Mezun, Lisans - Lisansüstü Öğrenciler) Ön koşul: BIF301’i tamamlamış olmak veya RNA-Seq / epigenom analizinde temel düzeyde komut ve veri yapısına hakim olmak.
Eğitim Seviyesi Açıklaması: Bu eğitim programı, giriş seviyesinden ileri düzeye kadar biyoinformatik analiz konusunda kapsamlı bilgi sağlamayı hedeflemektedir. Katılımcılar, NGS ve Oxford Nanopore dizileme teknolojilerinin temel prensiplerini öğrenmiş olarak biyoinformatik analiz süreçlerine giriş yapacaklardır. Eğitim süresince, ham dizileme verilerinin kalite kontrolünden başlayarak, hizalama, varyant tespiti ve veri görselleştirme adımlarına kadar tüm biyoinformatik iş akışları uygulamalı olarak ele alınacaktır. Bu eğitim, biyoinformatik analizlerde sağlam bir altyapı oluşturmak isteyen akademisyenler, araştırmacılar ve öğrenciler için uygundur.
Kimler İçin Uygundur: Bu eğitim programı, biyolojik araştırmaların yeni standardı haline gelen "Tek Hücreli (Single-Cell)" teknolojilere odaklanmaktadır. Katılımcılar, doku düzeyindeki ortalama verilerin ötesine geçerek; hücresel heterojenliği, nadir hücre tiplerini ve hücrelerin gelişimsel süreçlerini (trajectory) çözümlemeyi öğreneceklerdir. Eğitimde; scRNA-Seq (tek hücre transkriptom) ve scATAC-Seq (tek hücre kromatin) verilerinin analizi için Seurat, Scanpy, Monocle ve ArchR gibi endüstri standardı araçlar kullanılacaktır. 10x Genomics veri yapısının temellerinden başlayarak, boyut indirgeme (UMAP/t-SNE) ve hücre kümelendirme adımları detaylıca işlenecektir. Tıp Fakültesi, Sağlık Bilimleri Fakültesi, Veteriner Fakültesi, Ziraat Fakültesi, Mühendislik Fakültesi, Fen Fakültesi, Spor Bilimleri Fakültesi.
Bu eğitimi takip edecek olan ileri seviye biyoinformatik eğitimlerimiz bu eğitim programında oluşturacağımız temelin üzerine uygulamalı eğitimlerle devam edecektir.
Eğitimde Kullanılacak Materyaller (BIF401)
Sunum slaytları: scRNA-Seq ve scATAC-Seq teknolojileri, veri yapıları, QC metrikleri, kümelenme, marker analizi, pseudotime ve tek hücreli epigenetik konularını içeren güncel sunumlar.
Örnek veri setleri: 10x Genomics formatında boyutu küçültülmüş scRNA-Seq ve scATAC-Seq örnekleri; Google Colab üzerinde çalışacak şekilde hazırlanmış.
Biyoinformatik yazılımlar/paketler: Seurat, Scanpy, DoubletFinder, Scrublet, Monocle, Slingshot, ArchR, Signac; görselleştirme için ggplot2, matplotlib, umap, t-SNE fonksiyonları. Ağır çalışan parçalar hazır çıktılar üzerinden gösterilecektir.
Çalışma ortamı: Google Colab ve R/Python tabanlı ortamlar; kurulum gerektirmeden adım adım takip edilecek şekilde not defterleri.
Kılavuzlar ve protokoller: “scRNA-Seq QC → normalizasyon → boyut indirgeme → kümelenme → marker analizi → pseudotime” ve “scATAC-Seq QC → peak analizi → anotasyon” hattını anlatan uygulama dokümanları.
Pratik çalışma rehberleri: Kendi datasını eklemek isteyen katılımcılar için dosya yapısı, isimlendirme ve minimum QC kriterlerini anlatan rehberler.
*Bu materyaller, katılımcıların tek hücreli (scRNA-Seq) ve tek hücreli epigenomik (scATAC-Seq) veri analizlerini hem teorik hem de pratik olarak öğrenebilmesi için tasarlanmıştır. Eğitim boyunca tüm adımlar, boyutu eğitim amaçlı küçültülmüş gerçek tek hücreli veri setleri üzerinden Google Colab ve R/Python ortamlarında uygulanacaktır. Daha fazla hesaplama gücü gerektiren adımlar ise önceden üretilmiş örnek çıktılarla gösterilecek, böylece katılımcılar tam iş akışını kesintisiz olarak takip edebilecektir.
BIF401 - Uygulamalı Biyoinformatik: Tek Hücreli ve İleri Epigenetik Veri Analizleri - Sertifika Eğitimi
Eğitim Programı
Giriş – Tek Hücreli Omik Teknolojilere Bakış
Tek hücreli veri analizinin bulk analizden farkı.
10x Genomics scRNA-Seq ve scATAC-Seq iş akışlarına genel bakış.
BIF301 → BIF401 geçiş mantığının açıklanması.
Tek Hücreli Veri Yapıları ve Ön İşleme
scRNA-Seq veri formatları (FASTQ, matrix.mtx, barcodes, features).
Cell Ranger / Alevin gibi ön işleme araçlarının mantığının tanıtılması.
Eğitimde hafifletilmiş/örnek veri kullanılacağının belirtilmesi.
scRNA-Seq Kalite Kontrolü ve Hücre Filtreleme
Hücre bazlı QC metrikleri (nFeature, nCount, mito%).
Seurat / Scanpy ile düşük kaliteli hücrelerin ve outlier’ların kaldırılması.
DoubletFinder / Scrublet yaklaşımının tanıtılması.
Normalizasyon ve Özellik (HVG) Seçimi
Seurat’ta NormalizeData / SCTransform, Scanpy’de normalize_total + log1p.
Yüksek değişken genlerin seçilmesi ve downstream analizlere hazırlık.
Boyut İndirgeme ve Kümelenme
PCA ile ilk indirgeme.
UMAP / t-SNE ile hücrelerin 2B gösterimi.
Komşuluk grafiği + Louvain/Leiden kümelenmesi (Seurat/Scanpy).
Hücre Tipi Belirleme ve Marker Gen Analizi
Her küme için diferansiyel gen ifadesi (FindAllMarkers / rank_genes_groups).
Marker genlerin bilinen hücre tipleriyle eşleştirilmesi.
Basit otomatik anotasyon yöntemlerine kısa bakış.
Trajektori (Pseudotime) Analizi
Monocle / Slingshot ile farklılaşma yollarının modellenmesi.
Gelişimsel veya tedaviye yanıt senaryolarında pseudotime yorumlama.
Sonuçların görselleştirilmesi.
scATAC-Seq ve Tek Hücreli Epigenetik Analize Giriş
scATAC-Seq veri yapısı, peak × cell matrisleri.
Açık kromatin bölgelerinin tek hücre düzeyinde incelenmesi.
scRNA-Seq’ten farklarının vurgulanması.
scATAC-Seq Analizi (ArchR / Signac)
QC ve filtreleme.
Boyut indirgeme ve kümelenme.
Peak anotasyonu ve genomik bölgelerin yorumlanması.
scRNA-Seq ve scATAC-Seq Sonuçlarının Birlikte Yorumlanması
Aynı örneğe ait transkriptom ve epigenom bilgilerinin ilişkilendirilmesi mantığı.
Bu çoklu omik yaklaşımın BIF501’de ayrıntılı ele alınacağının belirtilmesi.
Görselleştirme ve Raporlama
UMAP/feature/violin/heatmap çıktılarının düzenlenmesi.
Yayınlanabilir/gönderilebilir figürlerin üretilmesi (Seurat/Scanpy + ggplot2/matplotlib).
Değerlendirme ve Kapanış
Tipik hataların ve veri kalitesi sorunlarının tartışılması.
Kendi tek hücreli verisiyle çalışmak isteyen katılımcılar için yol haritası.
BIF501’e geçiş için gereklilikler ve soru–cevap.
——————————————
Aşağıda Uygulamalı Biyoinformatik - Tek Hücreli ve İleri Epigenetik Analizler - Sertifika Eğitimi (BIF401) programımızın gerçekleştirileceği tarihleri görebilirsiniz.
Eğitim Tarihleri ve Saatleri:
Uygulamalı Biyoinformatik - Tek Hücreli ve İleri Epigenetik Analizler - Sertifika Eğitimi (BIF401)
Canlı - Çevrimiçi
11 - 12 - 13 - 14 Mayıs 2026
Pazartesi - Perşembe (4 Gün) - 19:00 - 22:00
Eğitim Yeri: DNA Academy - Çevirimiçi Eğitim Modülü
Eğitim ücreti: (Ön kayıt formumuz üzerinden kampanyalar ve taksit imkanları için bilgi alınız.)
Türkçe-İngilizce Sertifika ve Transkript verilecektir.
Bilgi ve Kayıt için İletişim: dna-academy@nardobiotech.com
Whatsapp: 0 549 502 13 14
Ad - Soyad, Fakülte, Enstitü, Bölüm-Birim, Ana bilim dalı bilgileriniz ile aşağıdaki mail adresi üzerinden kayıt olabilir, daha detaylı bilgi alabilir ve sorularınızı iletebilirsiniz.
DNA Academy - Uygulamalı Biyoinformatik: Genomik Veri Analizleri Sertifika Programları
BIF101, BIF201, BIF301, BIF401, BIF501 ve BIF601 modüllerinden oluşan genomik veri analizleri sertifika programımıza ön kayıt için lütfen aşağıdaki formu doldurunuz.
Ön kayıt formumuzu doldurmanız işleri hızlandırır ve size doğru yönlendirme yapmamızı sağlar.