DNA Academy
2026/2027 · İLERİ BİYOİNFORMATİK & MULTİ-OMİK
MICBIF501
İLERİ BİYOİNFORMATİK · 16S METAGENOMİK · KISA / UZUN OKUMA

Karşılaştırmalı 16S Metagenomik Analizleri

KISA OKUMADAN UZUN OKUMAYA · ASV · TÜR/SUŞ ÇÖZÜNÜRLÜĞÜ

MICBIF501, 16S amplikon metagenomiğini iki karşılaştırma ekseninde ele alır: Illumina V3–V4 kısa okumaları ile Oxford Nanopore tam-boy 16S (V1–V9) verilerinin taksonomik çözünürlüklerinin karşılaştırılması ve örnek/grup düzeyindeki mikrobiyal topluluk farklılıklarının ekolojik-istatistiksel değerlendirilmesi.

16S rRNA DADA2 / ASV Oxford Nanopore Emu GTDB Alfa / Beta MaAsLin3 ANCOM-BC2 MicrobeAtlas
ATLAS/01 · İKİ KARŞILAŞTIRMA AÇISINDAN ORTAK BİYOLOJİK YORUMA
TAKSONOMİK ÇÖZÜNÜRLÜK · EKOLOJİK BAĞLAM
01 · OKUMA UZUNLUĞU VE TAKSONOMİK ÇÖZÜNÜRLÜK
Illumina
V3–V4
→
DADA2
ASV
↔
Nanopore V1–V9
Emu · GTDB
02 · ÖRNEK / GRUP FARKI VE EKOLOJİK İSTATİSTİK
Alfa / Beta
Çeşitlilik
→
MaAsLin3
ANCOM-BC2
→
MicrobeAtlas
Ekolojik Bağlam
KISA VE UZUN OKUMA SONUÇLARINI ORTAK TAKSONOMİ OMURGASINDA KARŞILAŞTIR · TOPLULUK FARKLILIKLARINI KOMPOZİSYON-FARKINDA İSTATİSTİKLERLE DEĞERLENDİR · SONUÇLARI ORTAK BİYOLOJİK YORUMA TAŞI
MICBIF501 · ÖĞRENME MİMARİSİ / 02
Program İçeriği
5 HAFTA · 15 DERS
03–24 OCAK + PANEL OTURUMU · 15 SAAT CANLI
01
03 OCA
Kısa Okuma İş Akışı ve ASV Devrimi (Illumina V3–V4)
Ham kısa okumadan kalite kontrol, denoising ve ASV tablosuna
01
Metagenomik Veri Formatları, Kalite Kontrol (FastQC, MultiQC) ve Filtreleme (Cutadapt)
02
OTU’dan ASV’ye Geçiş: DADA2 ile Hata Modelleme ve Gürültü Arındırma
03
Temsilci Dizilerin Çıkarılması ve ASV Tablolarının Pandas ile İncelenmesi
02
10 OCA
Uzun Okuma İş Akışı, Q20+ ve Tür/Suş Çözünürlüğü
Tam-boy 16S’den tür/suş düzeyinde profil oluşturmaya
04
3. Nesil Paradigma Değişimi (R10.4.1 + Dorado sup/duplex, Q20+) · NanoPlot, Filtlong, Chopper ile QC
05
Tam Boy 16S (V1–V9) Hizalama: Emu (Ana Araç) ve GTDB Tabanlı Alternatifler (NaMeco / NanoVIP)
06
Nanopore Verilerinde Göreceli Bolluk (Relative Abundance) Tablolarının Oluşturulması
03
17 OCA
Taksonomik Atama ve GTDB Harmonizasyonu
Kısa ve uzun okuma sonuçlarını ortak taksonomi omurgasında karşılaştırmak
07
Ortak Taksonomi Omurgası (GTDB harmonizasyonlu Greengenes2 / SILVA) ve Taksonomi Ataması
08
Illumina (Cins) ile Nanopore (Tür/Suş) Çözünürlük Farkının Görsel Karşılaştırması
09
“Unclassified” Çıktıların Biyolojik ve Algoritmik Sınırlarının Değerlendirilmesi
04
24 OCA
Kompozisyon-Farkında Ekolojik İstatistikler ve MicrobeAtlas
Ekosistem varyasyonundan diferansiyel bolluğa ve küresel bağlama
10
Alfa ve Beta Çeşitlilik Metrikleri: Örnek Grupları Arası Ekosistem Varyasyonu
11
Diferansiyel Bolluk: MaAsLin3 / ANCOM-BC2 ile Biyomarker Keşfi (SOTA benchmark eşliğinde)
12
Çıktıların MicrobeAtlas’a Aktarılması ve Karşılaştırmalı Raporlama
05
PANEL
Bitirme Projesi · Değerlendirme · Panel Oturumu
Canlı uygulamaların ardından yürütülen bitirme projesi; panel tarihi katılımcılarla birlikte planlanır
13
Bitirme Projesi: Katılımcı Analiz Sunumları
14
Değerlendirme ve Bireysel Geri Bildirim
15
Panel Oturumu: Tartışma, Sentez ve Sertifikalandırma
KAZANIM

Katılımcılar, 16S metagenomiğini birbirinden kopuk araç çağrıları olarak değil; ASV çıkarımından tür/suş çözünürlüğüne, GTDB harmonizasyonundan kompozisyon-farkında istatistiğe uzanan bütünlüklü bir iş akışı mantığı olarak edinir. Illumina ve Nanopore platformlarının çözünürlük sınırlarını ve “unclassified” çıktıların biyolojik/algoritmik nedenlerini ayırt eder; alfa/beta çeşitlilik, diferansiyel bolluk ve MicrobeAtlas üzerinden sonuçları ekolojik bağlama yerleştirir.

MICBIF501 · EĞİTMEN / 03
Eğitmen
MİKROBİYOM · METAGENOMİK
SİSTEM BİYOLOJİSİ
Önder Akyün
Sistem Biyoloğu · Bağımsız Araştırmacı
MİKROBİYOM · METAGENOMİK · SİSTEM BİYOLOJİSİ
EĞİTMEN PROFİLİ → ORCID ↗ LINKEDIN ↗
MICBIF501 · SERTİFİKASYON / 04
Başarı Sertifikası ve Transkript
TÜRKÇE · ENGLİSH
DOĞRULANABİLİR BELGE

İKİ DİLDE BELGE

Modülü tamamlayan katılımcıya Türkçe ve İngilizce başarı sertifikası ile modül ders içeriğini gösteren transkript verilir.

DOĞRULANABİLİR

Her iki belge aynı benzersiz sertifika numarasını taşır ve DNA Academy Sertifikasyon Sistemi üzerinden doğrulanabilir.

LİNKEDIN ENTEGRASYONU

Sertifika LinkedIn profilinin lisans ve sertifikalar bölümüne eklenebilir ve profesyonel profilde paylaşılabilir.

MICBIF501'e Katılın
16S metagenomiğini kısa okumadan tam-boy uzun okumaya, ASV düzeyinden tür/suş çözünürlüğüne ve ekolojik-istatistiksel yoruma uzanan bütünlüklü bir iş akışında uygulayın.
KAYIT SAYFASINA GİT →
SEÇİLMİŞ LİTERATÜR VE AKADEMİK TEMEL
Callahan et al. (2016) · DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data · Nature Methods.
Curry et al. (2022) · Emu: species-level microbial community profiling of full-length 16S rRNA Oxford Nanopore sequencing data · Nature Methods.
McDonald et al. (2024) · Greengenes2 unifies microbial data in a single reference tree · Nature Biotechnology.
Lin & Peddada (2020) · Analysis of compositions of microbiomes with bias correction (ANCOM-BC) · Nature Communications.
Nickols et al. (2026) · MaAsLin 3: refining and extending generalized multivariable linear models for meta-omic association discovery · Nature Methods.
Rodrigues et al. (2026) · The MicrobeAtlas database: Global trends and insights into Earth’s microbial ecosystems · Cell.
DNA Academy
dnaacademy.com.tr · nardobiotech.com
info@dnaacademy.com.tr · +90 549 502 13 14