DNA Academy
2026/2027 · İLERİ BİYOİNFORMATİK & MULTİ-OMİK
MICBIF601
İLERİ BİYOİNFORMATİK · SHOTGUN METAGENOMİK · MAG & FONKSİYONEL ANALİZ

Shotgun Metagenomik Analizleri

ÇEVRESEL ÖRNEKTEN MAG'A · DE NOVO BİRLEŞTİRME · FONKSİYONEL ANOTASYON

MICBIF601, amplikon yaklaşımının ötesine geçerek shotgun (tüm-genom) metagenomiğini çevresel örnekten konak (host) DNA'sının filtrelenmesi, de novo birleştirme, MAG (Metagenome-Assembled Genome) oluşturma, kalite değerlendirmesi, taksonomik yerleştirme ve fonksiyonel anotasyona uzanan uçtan uca bir iş akışı olarak ele alır. Katılımcılar; Bowtie2/KneadData, metaSPAdes/MEGAHIT, SemiBin2/COMEBin, CheckM2, GTDB-Tk ve HUMAnN3/Bakta tabanlı analiz adımlarını gerçek veri üzerinde uygular.

Shotgun Host Filtreleme metaSPAdes / MEGAHIT MAG Binning CheckM2 GTDB-Tk HUMAnN3 / Bakta MaAsLin3 MicrobeAtlas
ATLAS/01 · ÇEVRESEL TOPLULUKTAN GENOMLARA VE FONKSİYONEL YORUMA
TOPLULUK · GENOMİK İÇERİK · FONKSİYONEL POTANSİYEL
SHOTGUN METAGENOMİK ANALİZ HATTI
Çevresel
Örnek
→
Host Filtreleme
Mikrobiyal Okumalar
→
Assembly + MAG
Binning
CheckM2
MAG Kalitesi
→
GTDB-Tk + HUMAnN3 / Bakta
Taksonomi + Fonksiyon
→
Biyolojik
Yorum
SHOTGUN · HOST FİLTRELEME · ASSEMBLY · MAG BINNING · CHECKM2 · GTDB-TK · HUMANN3/BAKTA · MICROBEATLAS
MICBIF601 · ÖĞRENME MİMARİSİ / 02
Program İçeriği
5 HAFTA · 15 DERS
07–28 ŞUBAT + PANEL OTURUMU · 15 SAAT CANLI
01
07 ŞUB
Shotgun Verisine Giriş ve Konak (Host) İzolasyonu
Ham shotgun veriden konak DNA'sını uzaklaştırarak mikrobiyal okuma havuzunu doğrulamak
01
Shotgun Metagenomik Kapsamı, Deneysel Tasarım ve Kalite Kontrol
02
Bowtie2 / KneadData ile Konak (Host) DNA'sının Filtrelenmesi
03
Saf Mikrobiyal Okumaların Elde Edilmesi ve QC Doğrulaması
02
14 ŞUB
De Novo Birleştirme ve SOTA MAG Oluşturma
Kısa okumaları contig'lere birleştirmek, binning yapmak ve MAG kalitesini değerlendirmek
04
metaSPAdes / MEGAHIT ile Kısa Okumaların Contig'lere Birleştirilmesi
05
MAG Binning: MetaBAT2 (Baseline) vs. Derin Öğrenme SOTA (SemiBin2 / COMEBin)
06
CheckM2 ile Makine Öğrenmesi Tabanlı MAG Kalitesi (Completeness / Contamination)
03
21 ŞUB
MAG Placement, Taksonomik Profilleme ve Kıyaslama
MAG kimliğini referans omurgada konumlandırmak ve okuma düzeyi profillemeyle bütünleştirmek
07
MAG Taksonomi Ataması: GTDB-Tk ve GTDB (r226) Omurgası ile Kimliklendirme
08
Okuma Düzeyinde (Kraken2 / Bracken) Profilleme ile MAG Sonuçlarının Bütünleştirilmesi
09
“Karanlık Madde” (Dark Matter) Keşfi, Limitasyonlar ve Novel Genomlar
04
28 ŞUB
Fonksiyonel Anotasyon, Kompozisyonel Kıyaslama ve Raporlama
Genom-merkezli çıktıyı fonksiyon, AMR ve karşılaştırmalı profil düzeyinde yorumlamak
10
HUMAnN3 / Bakta ile Fonksiyonel Yolaklar ve Antibiyotik Direnç Genleri (CARD) Tespiti
11
Karşılaştırmalı Profilleme: MaAsLin3 ile Gruplar Arası Diferansiyel Yolak ve AMR Kıyaslaması
12
Shotgun Çıktılarının MicrobeAtlas'ta Görselleştirilmesi · 16S/Shotgun Kıyaslanamazlığı Uyarısı
05
PANEL
Bitirme Projesi · Değerlendirme · Panel Oturumu
Canlı uygulamaların ardından yürütülen bitirme projesi süreci; panel tarihi katılımcılarla birlikte planlanır
13
Bitirme Projesi: Katılımcı Analiz Sunumları
14
Değerlendirme ve Bireysel Geri Bildirim
15
Panel Oturumu: Tartışma, Sentez ve Sertifikalandırma
KAZANIM

Katılımcılar, shotgun metagenomik veriyi konak filtrelemesinden de novo assembly ve MAG rekonstrüksiyonuna, kalite değerlendirmesinden taksonomik ve fonksiyonel anotasyona uzanan bütünlüklü bir genom-merkezli analiz çerçevesi içinde ele alır. MAG kalitesini (CheckM2) ve taksonomik atamayı (GTDB-Tk) değerlendirebilir; elde edilen genomik içeriği AMR profilleri, metabolik yolaklar ve ekolojik bağlam üzerinden karşılaştırmalı olarak yorumlayabilir.

MICBIF601 · EĞİTMEN / 03
Eğitmen
MİKROBİYOM · METAGENOMİK
SİSTEM BİYOLOJİSİ
Önder Akyün
Sistem Biyoloğu · Bağımsız Araştırmacı
MİKROBİYOM · METAGENOMİK · SİSTEM BİYOLOJİSİ
EĞİTMEN PROFİLİ → ORCID ↗ LINKEDIN ↗
MICBIF601 · SERTİFİKASYON / 04
Başarı Sertifikası ve Transkript
TÜRKÇE · ENGLISH
DOĞRULANABİLİR BELGE

İKİ DİLDE BELGE

Modülü tamamlayan katılımcıya Türkçe ve İngilizce başarı sertifikası ile modül ders içeriğini gösteren transkript verilir.

DOĞRULANABİLİR

Her iki belge aynı benzersiz sertifika numarasını taşır ve DNA Academy Sertifikasyon Sistemi üzerinden doğrulanabilir.

LİNKEDIN ENTEGRASYONU

Sertifika LinkedIn profilinin lisans ve sertifikalar bölümüne eklenebilir ve profesyonel profilde paylaşılabilir.

MICBIF601'e Katılın
Shotgun metagenomik analizi host filtrelemeden MAG rekonstrüksiyonu ve fonksiyonel yoruma kadar bütünlüklü bir genom-merkezli iş akışında uygulayın.
KAYIT SAYFASINA GİT →
SEÇİLMİŞ LİTERATÜR VE AKADEMİK TEMEL
Gilbert, Sapp & Tauber (2012) · A Symbiotic View of Life: We Have Never Been Individuals · The Quarterly Review of Biology.
Pasolli et al. (2019) · Extensive Unexplored Human Microbiome Diversity Revealed by Over 150,000 Genomes from Metagenomes · Cell.
Nurk et al. (2017) · metaSPAdes: a new versatile metagenomic assembler · Genome Research.
Pan, Zhao & Coelho (2023) · SemiBin2: self-supervised contrastive learning leads to better MAGs · Bioinformatics.
Chklovski et al. (2023) · CheckM2: a rapid, scalable and accurate tool for assessing microbial genome quality using ML · Nature Methods.
Chaumeil et al. (2022) · GTDB-Tk v2: memory friendly classification with the Genome Taxonomy Database · Bioinformatics.
Schwengers et al. (2021) · Bakta: rapid and standardized annotation of bacterial genomes · Microbial Genomics.
Nickols et al. (2026) · MaAsLin 3: refining and extending generalized multivariable linear models · Nature Methods.
Rodrigues et al. (2026) · The MicrobeAtlas database · Cell.
DNA Academy
dnaacademy.com.tr · nardobiotech.com
info@dnaacademy.com.tr · +90 549 502 13 14