DFT1 & DFT2 | Açık Veri Rehberi
Tazmanya şeytanlarındaki bulaşıcı tümörlere ilişkin açık genomik, transkriptomik ve konak verilerini tek bir yerde topluyoruz. Bu sayfa, karoseldeki veri setlerinin doğrudan arşiv bağlantılarını, temel kapsam bilgilerini, işlenmiş veri kaynaklarını, analiz kodlarını ve indirme araçlarını içeriyor.
Referans Genom ve İlişkili Kaynaklar
2023 çalışmasında kullanılan kromozom düzeyindeki Tazmanya şeytanı referans genomu mSarHar1.11. Aynı çalışma, referans genomun ham dizileme verilerini ve gen anotasyonunda kullanılan çok dokulu transkriptom verilerini de açık erişime bıraktı.
mSarHar1.11
DFT1 ve DFT2 genomlarının 2023 analizlerinde kullanılan referans assembly.
Referans Genom Ham Verisi
mSarHar1.11 referans genomunun oluşturulmasında kullanılan ilişkili ham dizileme verileri.
Çok Dokulu Transkriptom
mSarHar1.11 gen anotasyonunu desteklemek için kullanılan çok dokulu RNA-seq veri seti.
DFT1 ve DFT2 Genom Verileri
Derin tüm genom dizilemesi, düşük kapsamlı genom taraması ve hedefli MIP genotipleme aynı biyolojik sistemde farklı analitik amaçlara hizmet ediyor. Aşağıdaki hacim değerleri ENA fastq_bytes toplamlarına dayanıyor.
Stammnitz ve Ark. 2023
63 DFT1, 39 DFT2, 1 sporadik karsinom ve 72 normal doku. 2023 çalışmasında yeni üretilen genom verilerini içeriyor.
Stammnitz ve Ark. 2018
DFT1, DFT2 ve normal Tazmanya şeytanı genomlarının erken dönem derin genom karşılaştırmalarında kullanılan veri seti.
Kwon ve Ark. 2020 · Skim-WGS
648 DFT1 tümörü ve eşleşen konakları üzerinden geniş ölçekli düşük kapsamlı genom taraması. Arşivdeki run sayısı biyolojik tümör sayısından daha yüksek; eşleşen normal dokular ve çoklu biyopsiler de bulunuyor.
Kwon ve Ark. 2020 · MIP
Skim-WGS taramasından seçilen hedef varyantların yüksek derinlikli genotiplemesi. Nihai filogenetik yapı 456 MIP SNV, 94 mtDNA SNV ve 932 CNV üzerinden 639 tümörde kuruldu.
Veriyi Okurken: PRJEB51704, 2023 çalışmasında yeni dizilenen 63 DFT1 ve 39 DFT2 genomunu içeriyor. Makalede analiz edilen toplam 78 DFT1 ve 41 DFT2 genom, bunlara daha önce yayımlanmış 15 DFT1 ve 2 DFT2 genomun eklenmesiyle oluşuyor. Bu eski genomların arşiv dağılımı örnek düzeyinde doğrulanmadan tek bir projeye topluca atfedilmemeli.
RNA-seq ve Konak Popülasyonu Verileri
Primer tümör transkriptomları, deneysel hücre hattı RNA-seq verileri ve konak RAD-seq verisi farklı biyolojik düzeyleri temsil ediyor. Veri setini seçerken örneğin kaynağını ve deney tasarımını birlikte değerlendirmek gerekiyor.
Primer Tümör RNA-seq
Arşivde 30 run bulunuyor. Patchett ve arkadaşlarının primer tümör karşılaştırması 2 DFT1 + 2 DFT2 tümörü ve bunların biyolojik/teknik tekrarlarını kullanıyor; proje ayrıca normal doku kayıtları da içeriyor.
DFT Hücre Hattı RNA-seq
IFN-γ ile uyarılmış ve NLRC5’in aşırı ifade edildiği DFT hücre hatlarından elde edilen RNA-seq verileri.
Konak RAD-seq
Hastalığın yayılmasından önce ve sonra örneklenen Tazmanya şeytanı popülasyonlarında genomik seçilim sinyallerinin incelenmesi için oluşturulan azaltılmış temsil verisi.
İmmün Kaçış: PRJEB39847 doğrudan deneysel müdahale verisi sunuyor ve hücre kültürü düzeyini temsil ediyor. Yabani hayvanlarda aynı süreci doğrudan ölçen açık bir veri seti henüz bulunmuyor.
Ham FASTQ Her Zaman İlk Adım Olmak Zorunda Kalmıyor
Kwon 2020 filogenisini yeniden oluşturmak için yaklaşık 20 GB’lık hedefli MIP verisi ya da Zenodo’daki işlenmiş tablolar kullanılabilir. 3,66 TB’lık skim-WGS verisi, SNV adaylarının belirlenmesi ve genom çapındaki taramanın yeniden yapılması için gerekiyor.
İşlenmiş Veri
Kwon 2020 çalışmasına ait varyant tabloları, filogenetik çıktılar ve yardımcı veriler.
Kwon 2020 Analiz Kodu
DFT1 soy dinamiği çalışmasında kullanılan özel analiz ve görselleştirme kodları.
Stammnitz 2023 Analiz Kodu
2023 Science çalışmasının veri işleme, analiz ve görselleştirme kodları.
Analitik Kapsam
Her veri seti, üretim biçimine ve kapsamına göre farklı sorulara yanıt verir.
| Veri Seti | Somatik Varyasyon | CNV | Filogeni / Klonal Yapı | Ekspresyon | İmmün Kaçış | Konak Seçilimi |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PRJEB51704 · 83× | ● | ● | ● | — | — | — |
| PRJEB21902 · ~55× | ● | ● | ◐ | — | — | — |
| ERP124040 · ~1,3× | ◐ Aday Keşfi | ● | ◐ | — | — | — |
| ERP124232 · 378× MIP | ● Hedefli | — | ● | — | — | — |
| PRJEB28680 · Tümör RNA-seq | — | — | — | ● | ◐ | — |
| PRJEB39847 · Hücre Hattı RNA-seq | — | — | — | ● | ● | — |
| PRJNA306495 · RAD-seq | — | — | — | — | — | ● |
Lejant: ● Tek Başına Yeterli · ◐ Sınırlı ya da Başka Veriyle Birlikte · — Kapsam Dışı
ENA ve NCBI Üzerinden İndirme
Büyük projelerde önce metadata ve dosya listesini görmek, ardından gerekli run’ları seçmek daha kontrollü bir başlangıç sağlar.
ENA Filereport API
Bir proje aksesyonundan run, sample, platform, kütüphane ve FASTQ dosya bilgilerini TSV olarak almak için:
https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/filereport?accession=PRJEB51704&result=read_run&fields=run_accession,sample_accession,instrument_platform,instrument_model,library_strategy,library_layout,read_count,base_count,fastq_bytes,fastq_ftp&format=tsv&limit=0
enaBrowserTools · Study Düzeyi
Proje düzeyinde indirmeye başlamadan önce veri hacmini kontrol edin. Aşağıdaki örnek, yaklaşık 20 GB'lık ERP124232 MIP verisini indirir:
enaGroupGet -g read -f fastq ERP124232
Tek bir run indirmek için erişim numarasını doğrudan kullanabilirsiniz:
enaDataGet -f fastq <RUN_ACCESSION>
NCBI Datasets · Referans Genom
mSarHar1.11 genom paketini NCBI Datasets CLI ile almak için:
datasets download genome accession GCA_902635505.1 --include genome,gff3,rna
Metadata ve Tasarım Kontrolü
Arşiv kayıtları analizin başlangıç noktasıdır. Makale, proje kaydı ve örnek metadata’sı birlikte okunmalıdır.
Metadata Örneği: PRJEB51704 için ENA filereport çıktısında library_layout=SINGLE görülürken BioProject kaydı dizilemeyi 150 bp paired-end olarak tanımlıyor. PRJNA306495’te ise library_strategy alanı RAD-seq yerine OTHER olarak kayıtlı. Bu tür alanlar proje ve makale bilgisiyle birlikte değerlendirilmelidir.